Para isso podemos utilizar o "gdal_translate". Esta ferramenta vem disponível nos pacotes quem incluem a GDAL , como por exemplo,QuantumGIS, FWTools e OSGeo4W.
Apesar do QuantumGIS possuir uma interface gráfica para efetuar este processo, ela não permite que sejam definidos novas coordenadas de canto da imagem. Portanto, é necessária a utilização de linha de comando.
Em um terminal (ou OSGeo4W Shell no Windows) digite:
gdal_translate HDF4_SDS:UNKNOWN:NomeDoArquivo.hdf:0 saida.tif -a_ullr -180 50 180 -50 -a_srs EPSG:4326
Durante a conversão estamos definindo o sistema de coordenadas (WGS 84 Coordenadas geográficas) e a região ocupada pela imagem (-180 a 180 em longitude, -50 a 50 em latitude). Caso estes parâmetros não fossem passados, a ferramenta converteria apenas a matriz, sem georreferenciamento.
Para executar este comando em todos os arquivos de uma pasta (em lote) em sistemas operacionais Linux (com BASH) pode-se utilizar:
for f in *.hdf do gdal_translate HDF4_SDS:UNKNOWN:${f}:0 ${f}.tif \ -a_ullr -180 50 180 -50 -a_srs EPSG:4326 done